Smegenų vandenės priežastys skirstomos į įgimtas ir įgytas:
-
Įgimtos – dėl genetinio polinkio, įgimtų deformacijų (Chiari I ir II tipo malformacijos su mielomeningocele ar IV skilvelio nutekėjimo obstrukcija, Taip pat ji gali būti dėl Dandy-Walker malformacijos), įgimtų infekcijų, nėštumo metu persirgtų infekcinių ligų.
-
Įgytos vystosi po galvos smegenų traumų, skendimo, navikų, persirgtų neuroinfekcijų (meningito, encefalito).